Fariñas sinh tại Santa Clara. Vào năm 1981, ông tham chiến ở Angola trong Quân đội Cuba, chiến đấu dưới quyền chỉ huy của Đại tá Antonio Enrique Luzon, bị thương trong trận chiến và được thưởng các huy chương. Năm 1982 Fariñas sang học quân sự ở Tambov, Liên Xô (cũ). Năm 1993 ông được bầu làm Tổng thư ký Liên đoàn Lao động của ngành Y tế Cuba. Vào năm 1995, ông bị vào tù sau khi tố cáo các vụ tham nhũng của Ban giám đốc bệnh viện. Trong cuộc phỏng vấn của tạp chí Harper năm 2007 ("Cuộc chiến của lý tưởng = Battle of Ideas") Fariñas đã mô tả các Sĩ quan An ninh Quốc gia khi giam giữ ông ở Santa Clara, đã cưỡng bức đưa ông vào khu bệnh viện tâm thần một đêm và ở đây ông bị tiêm một mũi thuốc không biết là thuốc gì, dưới sự giám sát của các Sĩ quan An ninh nói trên.

Cha của Fariñas cũng đã từng gia nhập lực lượng vũ trang Cuba và chiến đấu ở Congo dưới sự chỉ huy của Che Guevara trong thập niên 1960.